Journal of Proteome Research publica conteúdo abrangendo todos os aspectos da análise e função global de proteínas, incluindo os aspectos dinâmicos da genômica, proteômica espaço-temporal, metabonômica e metabolômica, proteômica clínica e agrícola, bem como avanços na metodologia, incluindo bioinformática. O tema e a ênfase está em uma abordagem multidisciplinar das ciências da vida através da sinergia entre os diferentes tipos de "ômicas".